兩岸兩會於2009年4月簽署《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》（下稱兩岸司法互助協議），雙方同意在民事、刑事領域開展互助，採取措施共同打擊雙方均認為涉嫌犯罪的行為，例如綁架、毒品、人口販運及跨境有組織犯罪等重大犯罪，詐騙、洗錢、偽造貨幣等經濟犯罪。

根據台灣法務部的統計，兩岸司法互助協議簽署滿6周年(2015年4月)時，在兩岸相互請求司法協助的67,000多個案件中，已經完成了55,000多件，成功率高達81%。特別在兩岸聯手打擊犯罪方面，6年來總共破獲141個案件，逮捕6,200多人，同時相互遣返雙方通緝犯405人。由於有嫌犯潛逃至東南亞等地，因此雙方亦多次派員前往第三地偵訊，再各自遣返嫌犯回國。

協議執行以來成果分別說明如下：

一、合作打擊跨境不法犯罪：兩岸檢察與司法警察機關打擊了各類跨境犯罪，包括危害民眾甚巨的「電信詐欺案」。2013年台灣高等法院檢察署成立「廣西南寧違法傳銷專案小組」，透過協議合作機制，與大陸公安部經濟犯罪偵查局共同查辦違法傳銷案件，執行多次全台同步查緝。2013年4月兩岸聯手查獲毒品案件39件，並展開首次「兩岸海上聯手查緝毒品行動」，破獲最大「貨櫃走私海洛因案」。

二、緝捕遣返逃往大陸的刑事犯：截至2015年4月，已自大陸地區遣返刑事犯405人，其中包括高鐵爆裂物嫌犯胡宗賢、前中興銀行董事長王志雄、前立法委員郭廷才、前彰化縣議會議長白鴻森、前嘉義縣溪口鄉長劉邦詩等人。

三、追贓返還被害財物：2013年11月間台灣法務部與大陸公安部成立「兩岸罪贓協處專責小組」，專責處理兩岸間犯罪不法所得之查扣、沒收與返還事項；2014年4月起，兩岸再度合作將詐騙款項返還被害人。

四、完成受刑人移交：兩岸司法互助協議約定移送受刑人，使其能返回己方繼續服刑。2014年3月28日，將首批在大陸莆田監獄服刑的3名台籍受刑人接返回台，送台北監獄繼續服刑。

五、協助調查取證以保障民眾權益：兩岸合作完成600多件調查取證之協助，包括取得證言、提供書證、物證、確定關係人所在身分、勘驗、鑑定、檢查、訪視、調查等，有助於訴訟案（事）案件之偵查審判及民眾權益之保障。

六、執法專業交流引領法治對話：大陸派出百餘人次之公安警察、檢察官來台參加法務部研習課程。自2013年起，法務部組團由檢察官赴大陸國家檢察官學院、公安機關等地講授法律及司法制度。2016年4月初，法務部長羅瑩雪首度以部長身分率團赴北京，與大陸司法界高層交流。

2016年4月上旬起，肯亞陸續遣送45名台籍電信詐騙嫌犯至大陸，引起爭議。法務部肯亞案專案小組4月20日飛往北京，次日在北京市公安局海淀區看守所透過視訊會見了45人，並聽取陸方報告偵辦情形及嫌疑人涉案情節，檢視相關證據。該小組與陸方公安部隨後進行協商，達成四點共識：(一)關於肯亞案及馬來西亞案，雙方同意開展合作偵辦；(二)陸方同意家屬探視台籍嫌疑人，依規定積極安排；(三)對於未來跨境犯罪，雙方同意建立處理原則，以利打擊犯罪、保護受害人及實現社會正義；(四)兩岸司法互助協議生效7年來，成效有目共睹，執行成果值得珍惜並延續執行。