吉田茂1952年迫於美國國務卿杜勒斯的壓力，勉為其難與台北建交、簽和約，一旦台灣退出聯合國，尼克森訪問中國，日本立刻棄台灣而與中國大陸建交。台灣當局應切記這段歷史殷鑑，勿對台日關係心存幻想。

   國共分裂之初，美國一度想將中共「狄托化」（不結盟），並給予承認。不過，1950年2月，北京與蘇聯締結「中蘇友好互助同盟條約」，刺激了美國的保守派；6月25日韓戰爆發，10月中旬，大陸的人民志願軍度過鴨綠江，與美軍在朝鮮戰場上直接交鋒。在這種情勢下，美國政府開始主導舊金山和會；但當時英國已承認北京，主張邀請中共，與支持台北的美國僵持，彼此妥協決定和會不邀請海峽兩邊任何一方，會後則由日本選擇跟中國和談的對象。

日被迫選台北但甩掉賠償

而當時的日本首相兼外相吉田茂私下較屬意北京，令美方不快，最後由美國國務卿杜勒斯以強迫他簽署「吉田書簡」，要日本選擇台北為建交對象，且簽訂「中日和平條約」（日稱日華和平條約），其中最受矚目的條文是：限定和約適用範圍，中華民國自動放棄戰爭賠償請求權，日本戰犯是釋放或其他措施，任由日本政府處置。

此舉雖招來北京對日本的不滿，但同年大陸與日本民間貿易團體簽訂貿易協定，之後並互設貿易代表機構；1955年雙方甚至簽署黃海、東海民間漁業協定。

1957年，日本第一冊《外交藍皮書》揭櫫了外交三大支柱為：與西方國家保持協調、聯合國中心主義、堅持身為亞洲一員的立場。此後，歷屆內閣在外交事務上均遵循此原則。同年2月岸信介（安倍晉三的外公）出任首相，6月以首相身分來台訪問，支持蔣介石「反攻大陸」。1958年5月，大陸在長崎的展覽會日本放任某青年扯下大陸的國旗，造成雙方延續數年的民間貿易、漁業、文化交流全面中斷。

台灣退出聯合國後日轉向

1960年池田勇人取代岸信介，日本政府改採「政經分離」政策，與大陸發展貿易關係。1962年11月，大陸國務院外事辦公室主任廖承志，以中國亞非團結委員會主席的身分，在北京與來訪的日本自民黨人高崎達之助簽署《中日長期綜合貿易備忘錄》，即俗稱的「LT貿易」，而且互設辦事處及新聞常駐機構。

之後的佐藤內閣也在政治上極力附和美國的冷戰戰略，支持台灣，經濟上則屢向大陸出口整座尼龍工廠並由輸出入銀行對大陸提供融資，令台北頗不是滋味。

1971年7月美國國家全顧問季辛吉密訪北京，隨後宣布翌年尼克森總統要訪問大陸，日本迅速嗅到美國與中國和解的意向。同年10月大陸取得在聯合國裡的中國代表權，日本國會氣氛隨即丕變，要求與大陸建交的聲浪驟升。雖然佐藤也透過管道向北京試探建交意向，但因他不為中方信任而未果，他個人也提前下台。

1972年中，田中角榮與福田赳夫角逐總裁寶座，台灣押寶較親台的福田失利，7月田中內閣上台，認為敵視中國的政策毫無意義，同年9月日本便搶在美國之前與大陸建交，並廢止與台北訂的「中日和約」。此後日本與台灣僅維持民間關係，發展經貿、文化、學術交流。

和平條約加入「反霸權」

1974年中日開始陸續簽署建交「共同聲明」列舉的實務：1974年4月航空協定，8月海運協定。日方原以為大陸會等到實務談完後才會談和平友好條約，但大陸同年7月就提議展開《和平友好條約》的談判，11月在東京預備會議上，因陸方提出「反霸權」條款，而日本深怕被捲進當時中蘇對立的麻煩中，極力反對，一度談不下去。

後來三木武夫內閣的外相宮澤喜一表示，要加入(1)範圍不僅在於亞、太地區而是全世界；(2)反霸不針對特定第三國；(3)反霸不意味著中日採取聯合行動；(4)不得與聯合國憲章的精神相矛盾。但談判還是沒有進展，一直到1976年福田赳夫上台才重啟談判，只是自民黨內慎重派仍多於促進派。當時美蘇尖銳對立，為遏制蘇聯，美國希望中日早日簽署和平條約，於是1978年5月3日美日峰會時，卡特總統對福田首相表示，希望日本在中日和平友好條約上積極點。同月下旬，美國安顧問布里辛斯基訪中回程路過日本時，也強力勸請福田接受「反霸權」條款。同年8月，大陸與日本的《中日和平友好條約》，就由這位被視為最親台灣的日本政治領袖簽署。

台日斷交後，日本基本上只與台灣保持非官方往來。1984年初，台灣少量開放進口自1973年起禁播的日本電影；1986年日本政界大老發起成立「蔣公遺德彰顯會」。不過，在日本政府、社會努力經營日中關係時，1985年3月李登輝副總統趁著訪拉丁美洲後的返程過境東京，主動約見在日本獨樹一幟多次出書抨擊大陸、甚至主張中國分裂的東京外國語大學教授中嶋嶺雄，這層關係在李登輝登上大位後快速發酵。

日右翼大舉介入台灣政治

李執政期間，中嶋常替李出主意，中嶋甚至被台灣部分人士喻為「國師」；他們兩人分別在台、日兩地邀人共同籌建會議，第一屆「亞洲展望論壇」於1989年6月在台北召開，之後輪流在日本與台灣舉行。經由這個會議及中嶋頻繁至官邸拜訪李登輝，中嶋的「中國觀」不斷影響、誘導李的兩岸政策。

另外，1994年4月李登輝與司馬遼太郎談「生為台灣人的悲哀」；9月下旬，日本退休外交官、前駐泰大使岡崎久彥來台，教台灣外交官思考朝台獨方向發展。加上1990年代台灣解禁了日本流行文化，日本動畫、漫畫、電視劇、電子遊戲、職棒轉播及商品大量湧入，對台灣社會意識影響巨大。特別是李執政中期以後，強力推行「去中國」、讚美日本殖民統治的中學歷史教育，使得台灣年輕一代普遍「親日反中」。日本右翼及反中人士更集結成「友台」集團，公開支持台灣綠營。

2000年陳水扁上台，讓日本退休自衛隊官員來交流協會擔任類似使館武官的工作，日本外務省也修改內規，把可與台灣接觸的日本官員級別由副課長級以下，提升至課長級以下。陳執政期間，日本民間更進一步涉入台獨活動。2003年9月6日的「台灣正名運動大遊行」，日本的李登輝之友會來了53人；2004年2月28日的「手護台灣運動」，台北、東京（約1千人參加）同步舉行。

曾擔任日本交流協會台北事務所所長的內田勝久(2002-2005)，返日一年後出版了自述在台任職期間的書《不要緊嗎？日台關係「日本大使」的真言錄》，不少篇幅主張要台灣區隔中國，和平獨立。

馬保釣卻簽成漁業協議

2008年5月馬英九當政後，日本駐台單位暗地與在野勢力（獨派）密切連結；交流協會透過外交部表示，願意出資協助成立綜合性日本研究中心之類的機構、也會派日本專家來台教學，政治大學率先於2009年成立當代日本研究中心。

2009年5月1日，交流協會代表齋藤正樹在嘉義中正大學演講，竟毫不顧史實及現政府的立場，大談「台灣地位未定論」。

2012年9月中旬日本將釣魚台「國有化」，同月25日台灣70餘艘漁船由海巡署船艦護航至釣魚台海域進行保釣活動，與日本海上保安廳船艦對峙，互噴水柱，為台日在釣島海域最尖銳的一次對峙。不過，自從日方了解馬政府並沒有意願在釣魚台問題上與大陸合作，便明顯不再以台灣為處理對象，而專力應付大陸。

可是，正因馬政府的據理力爭，歷經李登輝、陳水扁時代16次談判，毫無進展的台日漁業協議，於2013年4月10日在台北簽署，針對雙方重疊專屬經濟海域的漁業作業安排達成協議，但未涉及雙方對主權的主張。

2016年登場的蔡英文，對外政策完全向美、日傾斜，特別誇示與安倍家族的私交，台日一度狀似熱絡，2017年初日方駐台機構更名為「日本台灣交流協會」，5月17日台灣亦將對日機構更名為「台灣日本關係協會」，然而，雙方除了偶因「震災」互動送暖外，毫無實質進展。

整體觀之，戰後日本從自身國家利益出發，將對華重心擺在大陸，即使與台灣有官方關係時，也是低調垂涎大陸市場。中日恢復邦交後，就算近20餘年來日本小動作不斷，利用台灣作牽制大陸的工具，台灣也極力配合，但都未動搖大局，台日僅維持「民間」關係。

今年適逢中日《和平友好條約》40周年，兩者有共同抗拒川普貿易戰的共同利益，同時，大陸是日本最大的貿易夥伴，最大的遊客來源，再者，大陸已超越日本，成為聯合國內僅次於美國的第二大捐資國，台日關係更不可能溢出中日外交框架之外，台灣當局應從這歷史過程學到教訓，務實看待台日關係。