九合一選舉，國民黨遭到空前的慘敗。輿論檢討聲浪都指向馬英九和國民黨執政的失敗，其兩岸政策也受到波及。

九合一是一次地方性選舉，兩岸關係本不是選戰議題。兩岸關係躺著也中槍的原因，或許是因馬政府執政不利、聲望太低，選民對其所有政策都失去信心；或許是連勝文及吳志揚這兩位被稱為「權貴二代」的候選人，正好是國民黨榮譽主席連戰與吳伯雄的公子，而該兩位又在國共交流上有所貢獻；也或許是反中的西方國家及日本想藉此看衰兩岸關係。不論如何，選舉已結束，兩岸關係穩定發展的重要性，台灣任何人，包括柯文哲，都不敢輕忽。

有人預測，選後兩岸經貿談判或城市間的交往會中斷，本人卻不如是悲觀。第一，大陸絕對有意願、有決心鞏固深化兩岸關係和平發展。第二，台灣不少選民對藍綠政治人物有雙重標準，這使得「不可能賣台」的綠營政治人物上台後，反而可以大方概括承受前朝所取得的兩岸和平果實，甚至可以開展兩岸政治對話。第三，兩岸政經實力差距更形擴大，選戰激情過後，台灣民眾都得務實地面對現實生活，這使兩岸經貿合作、人民往來停不下來，只能往前走。

儘管如此，綠營要想促成民、共兩黨交流，並積極參與兩岸事務，必須首先承認「九二共識」。

「九二共識」係指1992年11月海基會及海協會就解決兩會事務性商談中，如何表明堅持一個中國原則的問題，所達成的以口頭方式表達的「海峽兩岸均堅持一個中國原則」的共識。1992年香港會談及其後兩會的函電往來，均有完整的記錄，不容否認。柯文哲說「不清楚九二共識是什麼」，或許只是想取巧地不承認「九二共識」這個後人加上的簡稱，而並非否認1992年兩會確曾達成共識及其內涵。雖然，內涵重於形式，但兩岸當局採用「九二共識」已久，實無必要以詞害意，或另創新詞。

 選戰中也有人批評，大陸只想以國共合作解決台海問題。其實，2008年「胡六點」所言：兩岸現狀「是上個世紀40年代中後期中國內戰遺留並延續的政治對立」，這只在敘述歷史事實，該談話的重點在於「兩岸復歸統一」「是結束政治對立」。只有兩岸當局才有能力結束政治對立，大陸方面要協商的對象當然是台灣執政當局，而非任何特定政黨。大陸1979年發布的〈告台灣同胞書〉就清楚指出「我們寄希望於台灣人民，也寄希望於台灣當局」，習近平上台以來更多次提及「我們尊重台灣同胞自己選擇的社會制度及生活方式」，兩者加起來，正表明大陸當局必然會與票選出來的台灣當局進行對話、協商，以解決台海問題。

從九合一選舉可以發現，台灣政黨輪替已成常態，要想兩岸關係脫離「人治」，不受當政者所屬政黨及個人的政治立場所影響，建構兩岸關係制度性框架乃當今刻不容緩的課題。