蔣經國於1979年4月提出「三不」（不通航、不通商、不通郵）政策，1982年4月國民黨12全通過《貫徹以三民主義統一中國案》，1987年11月政府開放民眾赴大陸探親。1988年1月蔣經國去世，李登輝就任總統。

李登輝執政初期，自身權力不穩，維持了國民黨的國家統一政策和一個中國立場，多次公開表示 「中國應該統一」、「堅持一個中國原則」、「沒有兩個中國政策」。

1988年7月，中國國民黨13全通過《中國國民黨現階段大陸政策》案；1989年6月政府開放海峽兩岸間接通話（報）及改進郵寄信件手續。

1990年10月，李登輝邀集朝野各黨及社會各界成立國家統一委員會（以下簡稱國統會），研商制訂《國家統一綱領》。1991年1月底，行政院大陸委員會(以下簡稱陸委會)正式成立，成為統籌處理大陸事務的法定機關。同年3月14日，行政院院會通過國統會提交的《國家統一綱領》，其中第一條即是「大陸與台灣均是中國的領土，促成國家的統一，應是中國人共同的責任。」同年5月1日，政府宣告終止動員戡亂時期，廢除戡亂時期臨時條款。

1992年7月，立法院通過《台灣地區與大陸地區人民關係條例》，將兩岸關係定位為「一國兩區」。同年8月1日，國統會在第八次會議上通過「關於一個中國」的涵義，指出「海峽兩岸均堅持『一個中國』之原則，但雙方所賦予之涵義有所不同」、「台灣固為中國之一部分，但大陸亦為中國之一部分」。

李登輝在逐步鞏固其地位後，開始背離一個中國原則，並採取了一系列分離主義步驟，對台獨分子及其活動採取姑息縱容的態度；推動修憲；推動「重返聯合國」活動；推動「去中國化」的教改；修改中小學教科書，抹殺年輕一代的國家民族意識。

1995年6月，李登輝以「私人名義」訪問美國，在康奈爾大學發表演講，公開鼓吹「中華民國在台灣」、「在台灣的中華民國」，導致1995年7月、8月、11月和1996年3月，大陸方面在台灣海峽和台灣附近海域進行四次軍事演習，展現了反分裂的決心。

1999年7月9日，李登輝在接受《德國之聲》的專訪時表示，「自1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國關係，而非一個中國內部關係。」該主張已把兩岸視為兩國，徹底背棄了一個中國原則。8月及9月間，大陸接連舉行了一系列的軍事演習，結果包括美國、日本、歐盟等130多個國家重申一個中國原則，李登輝政府也被迫表示不會依照「兩國論」修改憲法和相關法律。