日本教科書備受東亞國家批評，主要在於其中小學的現代歷史、地理、公民科目裡，在歷史意識和領土兩方面，與周邊鄰國存在諸多認知上的歧異。

二戰後，日本中小學教科書並非由政府編纂，而是由多家民間出版社自由編寫、出版，再經各地區教育委員會（公立），或學校（私立）自行選擇採用哪個版本。但文部科學省（下稱文科省，2001年前稱文部省）會制定編寫方針及《學習指導要領》，每四年審查一次送審的教科書。初期日本教科書對戰爭尚有較平實的記述。

1960年代，日本極端民族主義者林房雄發表《大東亞戰爭肯定論》，此後保守右翼勢力開始發聲、翻案，並向教育界進軍。

1982年7月，文部省審查高等學校的歷史教科書，讓一些將「侵略」改成「進出」，淡化侵略行為的教科書通過，引來中國大陸、南韓等鄰國的注意和抗議。1986年6月，右翼團體「守護日本國民會議」編撰、原書房出版的歷史教科書《新編日本史》問世。

1996年12月，日本右翼文人組成「新歷史教科書編撰會」（下稱「編撰會」），受到自民黨眾多右派議員的支持，在「編撰會」及其支持者的言論中，可以看到讚美戰爭、國粹主義、否認有南京大屠殺和歪曲歷史之類的論調。該編撰會的勢力不斷擴大，日本各都道府縣都有分會，成員有大企業檯面人物、學界、文藝界、體育界及宗教界人士。

2004年１月下旬，自民黨議員再組織了「考慮日本前途與歷史教育議員會」，時任自民黨幹事長的安倍晉三曾透過黨的力量，要求地方議員支持「編撰會」，協助其教科書獲得採用。

2005年6月，文科大臣中山成彬表示：（二戰）當時根本就沒有「隨軍慰安婦」這個詞；寫二戰侵略是「自虐史觀」的教育。這是第一次日本教育當局負責人出現這種言論。同年，文科省也通過由「編撰會」主編、扶桑社發行的《新歷史教科書》及《新公民教科書》，內容爭議很大，再度引起大陸、南韓、新加坡及日本一些民間團體、教育界人士不滿。迄今這一類教科書被採用的比例持續增加。

近幾年，文科省更要求將諸多具有主權爭議的島嶼，記述為「日本領土」。

2006年文科省要求高中教科書按照政府的見解記述：「尖閣諸島（釣漁台列嶼）及竹島（南韓稱獨島）是日本領土」。

2014年，文科省修改教科書編寫方針，要求將釣魚台和竹島表述為「固有領土」，自2015年初中教科書開始適用，2016年高中也跟進。2017年1月文科省首次明確在中小學社會科的《學習指導要領》，訂定釣魚台及其附屬島嶼、竹島、北方四島（俄國稱南千島群島）是「日本固有領土」。在在凸顯安倍政府推動「領土教育」和「愛國心教育」的思想。